来源:科技日报
【资料图】
科技日报记者 张梦然
美国国立卫生研究院研究人员发布了一种创新的软件工具,用于组装来自各种物种的真正完整(即无缝)的基因组序列。这种名为Verkko的软件在芬兰语中意为“网络”,它使组装完整基因组序列的过程更经济实惠且易于使用。研究成果16日发表在《自然·生物技术》上。
美国国立卫生研究院发布了一款创新的软件工具,可组装来自各种物种的真正完整(即无缝)的基因组序列。图片来源:美国国家人类基因组研究所
Verkko从组装第一个无间隙人类基因组序列中成长起来,该序列于去年由端粒到端粒(T2T) 联盟完成。研究人员称,他们利用了在T2T项目中学到的知识,并使流程自动化。有了Verkko,他们现在只需按下一个按钮就能自动获得完整的基因组序列。
T2T联盟使用新的DNA测序技术和分析方法来生成和组装剩余的8%—10%的人类基因组序列。利用Verkko可在几天内完成任务;而当研究人员手动组装这些碎片时,这个庞大且技术精湛的团队需花费数年时间才能完成同样的任务。
Verkko首先将细小的细节组合在一起,然后将组装区域与更大、更不精确的部分进行比较。这些较大的部分作为一个框架来对更详细的区域进行排序。最终产品就是准确完整的基因组序列。
随着Verkko带来更完整的人类基因组序列,研究人员可更好地评估人类基因组多样性。目前,科学家们还缺乏对整个人类基因组许多部分多样性的了解,例如高度重复的DNA区域。
研究人员表示,Verkko还将加快生成常用物种的无缝基因组序列,例如小鼠、果蝇和斑马鱼,以提高它们对科学的实用性。
总编辑圈点:
组装基因组就像拼拼图,但结果不唯一,因为不同的DNA测序技术会生成不同类型的拼图,有些很小却很详细,有些虽然图像模糊但要大得多。本文中的Verkko能比较并组装两种类型的作品,最终生成完整又准确的图像。测试中,无论使用人类还是非人类的数据,Verkko都能做到快速而准确。在以前,这是一项艰苦、耗时还易错的工作;而对以后来讲,各种植物、动物和其它生物无缝基因组序列的出现,将为基因组学领域发展提供巨大助力。
关键词:
还在苦苦寻找优秀经典的名言吗?为大家整理的关于法律的名言警句
关于法律的名言警句(精选220句)在日常学习、工作或生活中,大家都有令自己印象深刻的名言吧,巧用名言有助于我们正确对待学习、生活、成长
怎样写方案才更能起到其作用呢?整理的项目合作实施方案
项目合作实施方案5篇为保证事情或工作高起点、高质量、高水平开展,往往需要预先进行方案制定工作,方案指的是为某一次行动所制定的计划类
楚辞影响最大的作品 《离骚》全文对照翻译
《离骚》全文对照翻译《离骚》是屈原的代表作,创作于楚怀王时期屈原遭谗被疏之时,是楚辞影响最大的作品。下面是《离骚》全文对照翻译...
写申请书时理由总是不够充分?为大家整理的退学申请书
退学申请书(精选12篇)在一步步向前发展的社会中,申请书在现实生活中使用广泛,申请书不同于其他书信,是一种专用书信。写申请书时理由总是
都有哪些类型的话语呢?为大家收集的感恩老师的话精选150句
感恩老师的话在生活、工作和学习中,越来越多人喜欢发表话语,话语是特定社会语境中人与人之间从事沟通的具体言语行为。那么都有哪些类...
关于我们 加入我们 联系我们 商务合作 粤ICP备18023326号-32
中国创氪网 www.chuanganwang.cn 版权所有
投稿投诉联系邮箱:85 572 98@qq.com